Desde su fundación en 1964, los programas académicos del Departamento de Antropología buscan formar estudiantes socialmente competentes, de acuerdo con las necesidades del país y de la región latinoamericana, que comprendan el pasado y presente de la evolución humana, los patrones de conducta a lo largo del tiempo e identifiquen las diferencias y similitudes socioculturales. Asimismo, los programas del Departamento producen, transmiten y difunden conocimientos y generan pensamiento crítico para reconocer tanto el rol de la cultura y de lo social, como la formación y reacomodación de colectividades. Este proceso se desarrolla mediante análisis cualitativos que articulan las micro y macro esferas de lo social en un intento por explicar y dar cuenta de la diversidad humana.
El Departamento tiene un cuerpo de profesores especialistas en antropología de la violencia, antropología del desarrollo, antropología urbana, antropología histórica, arqueobotánica, arqueozoología, etnopsiquiatría, antropología médica, sociolingüística, etnología, espacio y naturaleza. Estas áreas se desarrollan por medio de grupos de investigación y laboratorios que apoyan la docencia y los procesos de investigación en el Departamento.
El Departamento ofrece el programa de pregrado en Antropología más antiguo del país y dos de posgrado: maestría y doctorado. Estos dos programas incluyen las siguientes áreas de concentración: antropología social, arqueología y antropología biológica. Cada uno forma investigadores que responden a preguntas sobre los fenómenos socioculturales contemporáneos en el ámbito local y regional.